申请低保时，即使女儿不在同一户口，仍需提交子女证明。分析：低保申请需考虑家庭整体经济状况，包括所有家庭成员的收入和财产。即使子女不在同一户口，其经济状况仍可能影响低保申请结果。因此，提交子女证明有助于全面评估家庭经济状况，确保低保发放的准确性和公平性。提醒：若低保申请被驳回或遇到其他困难，表明问题可能较为复杂，建议及时寻求专业法律人士的帮助。
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处理方式：从法律角度看，申请低保时处理子女证明的常见方式包括：1. 提供子女出生证明、户口本等官方文件，以证明子女关系；2. 如子女户口迁出，需提供迁出证明及现户口所在地的经济状况证明；3. 若子女已成年且独立生活，需提供其收入证明。选择方式：选择何种处理方式，需根据子女实际情况及低保申请要求来决定。若子女未成年或仍依赖家庭，应提供全面详细的子女证明；若子女已成年独立，则需重点提供其收入证明。
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具体操作：1. 若子女未成年且与申请人同在同一城市，可直接提供子女出生证明、户口本及学校证明等材料；2. 若子女未成年但户口迁出，需先办理迁出证明，再提供子女在现户口所在地的经济状况证明（如学校、社区出具的无收入或低收入证明）；3. 若子女已成年且独立生活，需要求其提供个人收入证明、银行流水等材料，以证明其经济状况不影响低保申请；4. 在提交材料时，务必确保所有文件真实有效，避免虚假申报导致的法律责任。同时，保持与低保审核部门的沟通，及时了解申请进度及可能存在的问题。