公司扣除员工工资需有证据且合法。依据《工资支付暂行规定》，赔偿金额不得超月薪20%，低于最低工资标准则按最低支付。否则，可能面临劳动仲裁和法律责任。
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员工损坏公司物品需赔偿。具体操作：1.轻微损坏，双方协商赔偿金额；2.协商不成，公司收集证据；3.申请劳动仲裁，要求合理赔偿；4.赔偿不得超月薪20%，确保工资不低于最低标准。
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常见处理方式为协商赔偿或申请劳动仲裁。若损坏轻微，双方可协商赔偿；若协商不成或损坏严重，公司可申请劳动仲裁，依据法律程序处理。