结清案件后仍在失信名单可申请恢复。依据《最高人民法院关于公布失信被执行人名单信息的若干规定》，履行义务或达成和解等可申请从名单中删除。不及时处理可能影响个人信用，导致贷款、出行等受限。
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处理结清案件仍在失信名单的常见方式有：履行义务、达成和解、申请删除等。选择方式需根据具体情况，如已履行义务则直接申请删除；若存在纠纷，可考虑达成和解后申请。
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结清案件在失信名单可这样处理：1. 若已履行完法律文书义务，向法院提交证明材料申请删除失信信息。2. 若与申请执行人达成和解，履行完毕后共同向法院申请删除。3. 若申请执行人同意，可由其书面申请法院删除失信信息。4. 若符合其他法定删除条件，如执行程序终结等，也可申请删除。